确定了西南、西北负责人选，剩下的就是东北了。朱由检道：
“辽东的事也议议吧！”
“先前辽东督师王之臣上疏，说辽东有三督师、四大将，各个都有尚方剑。‘权不归一，令出多门，未见其便’。”
“朕有意梳理一下辽东官职，争取权责相符，令行禁止。”
“先从督师开始，辽东督师王之臣，能胜任这个职务吗？”
这个话题有点大，群臣没有人敢给王之臣打包票。
见此，朱由检心中已经有了答案，说道：
“辽东督师王之臣，以词颂定为第八等，削去一切官阶。”
“念在以往功劳，起复长城护军使，令其好生做事。”
王之臣被罢官不出众人预料，他在辽东先是和袁崇焕不合，又和袁崇焕举荐的赵率教不合，还和督师辽东太监刘应坤不合，群臣都有些无语了：
堂堂辽东督师，在辽东职位最高的官员，结果文臣、武将、太监都搞不定，谁敢对他寄予厚望？
如今他在撤职后转任长城护军使，也算平安落地了。至少阉党的事情，以后不会牵连他。
朱由检把王之臣转任长城护军使，并不是随意安排，是因为王之臣担任过蓟辽总督，他才这样任命。
在确定护军使和提督都是督师的副手后，朱由检完善长城督师设置，并且划定防区：
“长城护军使驻永平，直接管辖永平兵备，负责永平府北面长城，尤其是山海关以西和蓟镇长城交界地带。让王之臣协调好辽东督师、长城督师防区，避免出现疏漏。”
“长城督师驻密云，总管长城沿线，注意草原动态。一旦有敌人自草原来袭，要做好防御准备。”
“长城提督驻宣大，准备领兵作战。如果需要向草原出兵，由长城提督负责。”
“长城沿线各级官员，都受长城督师管辖。包括顺天巡抚、宣府巡抚、大同巡抚、山西巡抚及下属兵备。”
把各个职位防区划定，朱由检把京城北边的长城沿线完全交给了长城督师，又设置了长城提督、长城护军使，以及原本就有的几个巡抚分权。
这些职位里面，长城督师王象乾、长城提督满桂、长城护军使王之臣已经确定。
宣府巡抚秦士文如今在署理太仆寺卿，还没有推选继任巡抚。
大同巡抚张翼明刚刚被朱由检定为第五等撤职，正在等待廷推。
山西巡抚牟志夔，也有建祠情节，曾经和河东巡盐李灿然、山西巡按刘宏光等人一起主持建祠。
朱由检问明情况，将三人都定为建祠主犯，以第五等附逆情节，罚没非法财产。
还有顺天巡抚单明诩，此人一直在被弹劾，朱由检先前没有时间理会。这时问明情况，得知单明诩是万历四十七进士，天启六年还是职方司主事、今年就成为顺天巡抚。
这让朱由检眉头紧皱，当即以谄附罪名，把他定在第六等，削去一切官阶，罚没非法收入。
如此一来，长城沿线督抚，可以说都要换一遍，没有一个留任：
“宣大总督张晓、宣府巡抚秦士文、大同巡抚张翼明、山西巡抚牟志夔。”